El NCATS BioPlanet: una plataforma integrada para explorar el universo de las vías de señalización celular para toxicología, biología de sistemas y genómica química

La genómica química tiene como objetivo definir de manera integral y, en última instancia, predecir los efectos de los compuestos de pequeñas moléculas en los sistemas biológicos. Los enfoques de perfilado de actividad química deben considerar los efectos químicos en todas las vías operativas en células de mamíferos. Para permitir un perfilado químico estratégico y maximizado de la capacidad de las vías, hemos creado el NCATS BioPlanet, un recurso integral de vías que incorpora el universo de 1,658 vías humanas obtenidas de fuentes públicas, manualmente curadas, que han sido sometidas a una exhaustiva evaluación de redundancia y consistencia. BioPlanet admite la navegación interactiva, recuperación y análisis de vías, exploración de conexiones entre vías y búsqueda de vías por objetivos genéticos, categoría y disponibilidad de los ensayos de bioactividad correspondientes, así como la visualización de vías en un globo tridimensional, en el que la distancia entre dos vías es proporcional a su grado de superposición de componentes génicos. Usando este recurso, proponemos una estrategia para identificar un conjunto mínimo de 362 ensayos biológicos que pueden interrogar el universo de vías humanas. El NCATS BioPlanet es un recurso público, que será continuamente ampliado y actualizado, para biología de sistemas, toxicología y genómica química, disponible en http://tripod.nih.gov/bioplanet/.