Hacia la refinación automatizada de estructuras cristalográficas con phenix.refine

phenix.refine es un programa dentro del paquete PHENIX que apoya la refinación de estructuras cristalográficas contra datos experimentales con una amplia gama de límites de resolución superiores usando un gran repertorio de parametrizaciones de modelo. Tiene varias características de automatización y también es altamente flexible. Varios cientos de parámetros permiten amplias personalizaciones para casos de uso complejos. Se pueden aplicar múltiples estrategias de refinación definidas por el usuario a partes específicas del modelo en una única ejecución de refinación. Una interfaz gráfica intuitiva está disponible para guiar a los usuarios novatos y ayudar a los usuarios avanzados en la gestión de proyectos de refinación. Los datos de difracción de rayos X o de neutrones se pueden utilizar por separado o conjuntamente en la refinación. phenix.refine está estrechamente integrado en la suite PHENIX, donde sirve como un componente crítico en la construcción automatizada de modelos, la refinación final de estructuras, la validación de estructuras y la deposición en la wwPDB. Este artículo presenta una visión general de las principales características de phenix.refine, con referencias bibliográficas extensas para los lectores interesados en discusiones más detalladas de los métodos.