Un modelo metabólico de consenso de S. cerevisiae Yeast8 y su ecosistema para investigar de manera integral el metabolismo celular

Los modelos metabólicos a escala del genoma (GEMs) representan bases de conocimiento extensas que proporcionan una plataforma para simulaciones de modelos y análisis integrativos de datos ómicos. Este estudio presenta Yeast8 y un ecosistema asociado de modelos que representan un recurso computacional integral para realizar simulaciones del metabolismo de Saccharomyces cerevisiae, un organismo modelo importante y ampliamente utilizado como fábrica celular. Yeast8 rastrea el desarrollo de la comunidad con control de versiones, estableciendo un estándar sobre cómo los GEMs pueden actualizarse de manera continua de forma simple y reproducible. Usamos Yeast8 para desarrollar los modelos derivados panYeast8 y coreYeast8, que a su vez permiten la reconstrucción de GEMs para 1,011 cepas de levadura diferentes. A través de la integración con restricciones enzimáticas (ecYeast8) y estructuras 3D de proteínas (proYeast8DB), Yeast8 facilita aún más la exploración del metabolismo de la levadura a nivel multiescalar, lo que permite predecir cómo las variaciones de nucleótidos simples se traducen en rasgos fenotípicos.