Filogenética de Plantas con Flores Basada en un Análisis Combinado de Secuencias de Genes plastidiales atpB y rbcL

Siguiendo (1) la filogenia molecular a gran escala de plantas con semillas basada en secuencias del gen plastidial rbcL (publicada en 1993 por Chase et al., Ann. Missouri Bot. Gard. 80:528-580) y (2) la filogenia nuclear 18S de plantas con flores (publicada en 1997 por Soltis et al., Ann. Missouri Bot. Gard. 84:1-49), presentamos un análisis filogenético de plantas con flores basado en un segundo gen plastidial, atpB, analizado por separado y en combinación con secuencias de rbcL para 357 taxones. A pesar de algunas discrepancias, los árboles filogenéticos basados en atpB fueron altamente congruentes con los derivados del análisis de rbcL y 18S rDNA, y la combinación de secuencias de ADN atpB y rbcL (que comprende aproximadamente 3000 pares de bases) produjo un mayor soporte bootstrap para muchos conjuntos principales de taxones. Las angiospermas se dividen en dos grupos principales: noneudicotiledóneas con polen inaperturado o uniaperturado (monocotiledóneas más Laurales, Magnoliales, Piperales, Ceratophyllales y Amborellaceae-Nymphaeaceae-Illiciaceae) y los eudicotiledóneas con polen triaperturado (particularmente asterídeas y rosídeas). Según rbcL solo y combinado atpB/rbcL, los noneudicotiledóneas (excluyendo Ceratophyllum) son monofiléticos, mientras que en los árboles atpB forman un gradiente. Ceratophyllum es hermana del resto de las angiospermas con rbcL solo y en el análisis combinado atpB/rbcL, mientras que con atpB solo, Amborellaceae, Nymphaeaceae y Illiciaceae/Schisandraceae forman un gradiente en la base de las angiospermas. Se examinó la información filogenética en cada posición de codón y los diferentes tipos de sustituciones (transiciones y transversiones observadas en los árboles frente a comparaciones pareadas); teniendo en cuenta sus respectivos índices de consistencia y retención, demostramos que las posiciones de tercer codón y transiciones son los caracteres más útiles en estas reconstrucciones filogenéticas. Este estudio demuestra además que el análisis filogenético de matrices grandes es factible.