CAP3: Un programa de ensamblaje de secuencias de ADN

Describimos la tercera generación del programa de ensamblaje de secuencias CAP. El programa CAP3 incluye una serie de mejoras y nuevas características. El programa tiene la capacidad de recortar regiones de baja calidad en 5' y 3' de las lecturas. Utiliza valores de calidad de base en el cálculo de solapamientos entre lecturas, construcción de alineaciones múltiples de secuencias de lecturas y generación de secuencias de consenso. El programa también utiliza restricciones de avance-reversa para corregir errores de ensamblaje y vincular contigs. Se presentan los resultados de CAP3 en cuatro conjuntos de datos de BAC. Se comparó el rendimiento de CAP3 con el de PHRAP en varios conjuntos de datos de BAC. PHRAP a menudo produce contigs más largos que CAP3, mientras que CAP3 produce a menudo menos errores en las secuencias de consenso que PHRAP. Es más fácil construir andamios con CAP3 que con PHRAP en datos de bajo pasaje con restricciones de avance-reversa.