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La amplificación isotérmica mediada por bucle (LAMP), en combinación con la transcripción inversa (RT), se ha convertido en una técnica popular para la detección de ARN viral debido a varias características deseables para su uso en entornos de atención primaria o con pocos recursos. El gran número de cebadores en LAMP (seis por objetivo) lleva a una mayor probabilidad de interacciones entre dímeros de cebadores, y los cebadores internos, en particular, son propensos a la formación de estructuras de horquilla estables debido a su longitud (típicamente 40-45 bases). Aunque se conocen los dímeros de cebadores y las estructuras de horquilla como características a evitar en las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos, hay poca información cuantitativa en la literatura sobre el impacto de estas estructuras en los ensayos de LAMP o RT-LAMP. En este estudio, examinamos el impacto de los dímeros de cebadores y las horquillas en juegos de cebadores previamente publicados para el virus del dengue y el virus de la fiebre amarilla. Demostramos que pequeños cambios en los cebadores para eliminar dímeros de cebadores amplificables y horquillas mejoran el rendimiento de los ensayos cuando se monitorean en tiempo real con tintes intercalantes y cuando se monitorea un punto final fluorescente utilizando la técnica QUASR. También discutimos las implicaciones termodinámicas de estos pequeños cambios en la estabilidad general de las estructuras secundarias amplificables, y presentamos un único parámetro termodinámico que puede correlacionarse con la probabilidad de amplificación no específica asociada con los cebadores de LAMP.
Meagher et al. (Mon,) estudiaron esta cuestión.