Estructura de Datos Consciente de Terrasas para la Inferencia Filogenómica a partir de Supermatrices

En filogenómica, el análisis de alineaciones de genes concatenados, la llamada supermatriz, suele ir acompañado por la suposición de modelos de partición. Bajo tales modelos, se permite que cada gen, o más generalmente cada partición, evolucione bajo su propio modelo evolutivo. Aunque los modelos de partición proporcionan un análisis más exhaustivo de las supermatrices, los datos faltantes pueden obstaculizar los algoritmos de búsqueda en el árbol debido a la existencia de terrazas filogenéticas (parciales). Aquí, introducimos la estructura de datos consciente de terrazas filogenéticas (PTA) para un análisis eficiente bajo modelos de partición. En presencia de datos faltantes, PTA explota las terrazas (parciales) y los árboles de partición inducidos para ahorrar tiempo de cálculo. Mostramos que una implementación de PTA en IQ-TREE conduce a un aumento sustancial de la velocidad de hasta 4.5 y 8 veces en comparación con las implementaciones estándar de IQ-TREE y RAxML, respectivamente. PTA es aplicable generalmente a todos los tipos de modelos de partición y reordenamientos topológicos comunes, por lo que puede ser empleado por todo software de inferencia filogenómica.