diveRsity: Un paquete de R para la estimación y exploración de parámetros de genética de poblaciones y sus errores asociados

Resumen Presentamos un nuevo paquete de R, diveRsity, para el cálculo de varias estadísticas de diversidad, incluyendo estadísticas comunes de partición de diversidad (θ, G ST) y estadísticas de diferenciación de poblaciones (D Jost, test χ 2 para heterogeneidad poblacional), entre otros. El paquete calcula estos estimadores junto con sus respectivos intervalos de confianza bootstrap para loci, niveles poblacionales pareados y globales. También se proporcionan diversas herramientas de visualización para una evaluación visual de los valores estimados, permitiendo a los usuarios evaluar críticamente la validez y significancia de las pruebas estadísticas desde una perspectiva biológica. diveRsity tiene un conjunto de características únicas, que facilitan el uso de un marco informado para evaluar la validez del uso de estadísticas F tradicionales para la inferencia demográfica, con referencia a tipos de marcadores específicos, centrándose particularmente en loci de microsatélites altamente polimórficos. Sin embargo, el paquete puede ser utilizado fácilmente para otros tipos de marcadores co-dominantes (por ejemplo, alozimas, SNPs). Se proporcionan ejemplos detallados de uso y descripciones de las capacidades del paquete. Los ejemplos demuestran estrategias útiles para la exploración de datos y la interpretación de resultados generados por diveRsity. También se describen recursos en línea adicionales para el paquete, incluyendo una versión de aplicación web GUI destinada a aquellos con experiencia más limitada usando R para análisis estadístico.