Recuperación de genomas a partir de metagenomas a través de una estrategia de dereplicación, agregación y puntuación

Las comunidades microbianas son críticas para la función del ecosistema. Un objetivo clave de los estudios metagenómicos es analizar vías metabólicas específicas de organismos y reconstruir redes de interacción comunitaria. Esto requiere una asignación precisa de los fragmentos de genoma ensamblados a genomas. Los métodos de agrupación existentes a menudo no logran reconstruir un número razonable de genomas y reportan muchos grupos de baja calidad y completitud. Además, el rendimiento de los algoritmos existentes varía entre muestras y biotopos. Aquí, presentamos una estrategia de dereplicación, agregación y puntuación, DAS Tool, que combina las fortalezas de un conjunto flexible de algoritmos de agrupación establecidos. DAS Tool aplicado a una comunidad construida generó grupos más precisos que cualquier método automatizado. De hecho, cuando se aplicó a muestras ambientales y asociadas a hospedadores de diferente complejidad, DAS Tool recuperó sustancialmente más genomas casi completos, incluyendo linajes previamente no reportados, que cualquier método de agrupación único por sí solo. La capacidad para reconstruir muchos genomas casi completos a partir de datos metagenómicos avanzará significativamente los análisis centrados en el genoma de los ecosistemas.