Un enfoque para correlacionar datos espectrales de masas en tándem de péptidos con secuencias de aminoácidos en una base de datos de proteínas

Se ha desarrollado un método para correlacionar los espectros de masas en tándem no interpretados de péptidos producidos bajo condiciones de colisión de baja energía (10-50 eV) con secuencias de aminoácidos en la base de datos Genpept. En este método, se busca en la base de datos de proteínas para identificar secuencias lineales de aminoácidos dentro de una tolerancia de masa de ±1 u del peso molecular del ion precursor. Luego, se utiliza una función de correlación cruzada para proporcionar una medida de similitud entre las relaciones masa-carga para los iones fragmentados predichos a partir de secuencias de aminoácidos obtenidas de la base de datos y los iones fragmentados observados en el espectro de masas en tándem. En general, una diferencia mayor a 0.1 entre las funciones de correlación cruzada normalizadas de los primeros y segundos resultados de búsqueda indica un emparejamiento exitoso entre la secuencia y el espectro. Las búsquedas en bases de datos de proteínas específicas de especie con espectros de masas en tándem adquiridos de péptidos obtenidos de las proteínas totales digeridas enzimáticamente de células de E. coli y S. cerevisiae permitieron emparejar los espectros con secuencias de aminoácidos dentro de las proteínas de estos organismos. El enfoque descrito en este manuscrito proporciona un método conveniente para interpretar espectros de masas en tándem con secuencias conocidas en una base de datos de proteínas.