Hacia genomas casi cerrados con GapFiller

El ensamblaje de novo es una aplicación comúnmente utilizada en experimentos de secuenciación de nueva generación. El objetivo final es ensamblar millones de lecturas en un genoma completo, aunque los ensamblajes preliminares generalmente resultan en una cantidad de secuencias de andamiaje con huecos. En este artículo proponemos una estrategia automatizada, llamada GapFiller, para cerrar de manera confiable los huecos dentro de los andamios utilizando lecturas emparejadas. El método muestra buenos resultados en conjuntos de datos bacterianos y eucariotas, permitiendo solo unos pocos errores. Como consecuencia, la cantidad de trabajo adicional de laboratorio húmedo necesario para cerrar un genoma se reduce drásticamente. El software está disponible en http://www.baseclear.com/bioinformatics-tools/.