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InterProScan E. M. Zdobnov y R. Apweiler (2001) Bioinformatics, 17, 847-848 es una herramienta que combina diferentes métodos de reconocimiento de firmas proteicas de las bases de datos de miembros del consorcio InterPro N. J. Mulder, R. Apweiler, T. K. Attwood, A. Bairoch, A. Bateman, D. Binns, P. Bradley, P. Bork, P. Bucher, L. Cerutti et al. (2005) Nucleic Acids Res., 33, D201-D205 en un solo recurso. Al momento de escribir hay 10 bases de datos distintas disponibles públicamente en la aplicación. Se pueden analizar secuencias de proteínas así como de ADN. Una versión basada en la web es accesible para organizaciones académicas y comerciales desde el EBI (http://www.ebi.ac.uk/InterProScan/). Además, también están disponibles para los usuarios una versión independiente en Perl y un Servicio Web SOAP J. Snell, D. Tidwell y P. Kulchenko (2001) Programming Web Services with SOAP, 1st edn. O'Reilly Publishers, Sebastopol, CA, http://www.w3.org/TR/soap/. Se admiten varios formatos de salida que incluyen tablas de texto, documentos XML, así como diversos gráficos para ayudar a interpretar los resultados.
Quévillon et al. (Sun,) estudiaron esta cuestión.