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El aumento en la secuenciación de genomas microbianos ha revelado que las asignaciones de especies procariontes predominantes pueden ser inconsistentes con la información del genoma completo para un número significativo de especies. La necesidad de larga data de una técnica sistemática y escalable de asignación de especies puede ser satisfecha por la métrica de Identidad Promedio de Nucleótidos a Nivel Genómico (gANI), que es ampliamente reconocida como una medida robusta de relación genómica. En este trabajo, demostramos que la combinación de gANI y la fracción de alineamiento (AF) entre dos genomas refleja con precisión su relación genómica. Introducimos una implementación eficiente de AF, gANI y discutimos su aplicación exitosa a 86.5M pares de genomas entre 13,151 genomas procariontes asignados a 3032 especies. Posteriormente, al comparar los clústeres genómicos obtenidos de un agrupamiento por enlace completo de estos pares con la taxonomía existente, observamos que casi el 18% de todas las especies procariontes presentan anomalías en la definición de especies. Nuestros resultados se pueden utilizar para explorar preguntas centrales como si los microorganismos forman un continuo de diversidad genética o especies distintas representadas por firmas genéticas distintas. Proponemos que esta definición precisa y objetiva de especies basada en AF, gANI: el método MiSI (Identificador de Especies Microbianas), sea utilizado para abordar inconsistencias previas en la clasificación de especies y como la guía principal para la nueva asignación taxonómica de especies, complementada por el enfoque polifásico tradicional, según se requiera.
Varghese et al. (Mon,) estudió esta cuestión.