Diversificación alélica en el locus C (OsC1) del arroz silvestre y cultivado

Los fenotipos divergentes a menudo se detectan en plantas domesticadas a pesar de la existencia de fenotipos invariantes en sus formas silvestres. Un ejemplo de esto en el arroz es la ocurrencia de diferentes grados de coloración del ápice debido a la pigmentación de antocianinas, que se ha informado previamente que es causada por una serie de alelos en el locus C. Este estudio revela, sobre la base de la comparación de sus mapas, que el gen C parece ser el homólogo de arroz (OsC1) del maíz C1, que pertenece al grupo de factores R2R3-Myb. Se detectaron dos tipos diferentes de deleciones que causan un cambio de marco en el tercer exon, y ambos nucleótidos eliminados correspondieron a las posiciones de residuos de contacto de bases putativos, sugiriendo que los tipos Indica y Japonica llevan mutaciones de pérdida de función con orígenes independientes. Además, se detectaron frecuentemente sustituciones de reemplazo en OsC1 de cepas que llevan los alelos C previamente definidos. El análisis molecular poblacional reveló que se encontraron 17 haplotipos en 39 arroces silvestres y cultivados, y los haplotipos de la mayoría de las formas cultivadas podrían clasificarse en uno de tres grupos distintos, con pocos haplotipos compartidos entre los taxa, incluidos los tipos Indica y Japonica. La genealogía del gen OsC1 sugiere que la diversificación alélica que causa cambios fenotípicos podría haber resultado de mutaciones en la región codificante en lugar de recombinaciones entre alelos preexistentes. La prueba de McDonald y Kreitman reveló que los cambios en los ácidos aminados podrían estar asociados con fuerzas selectivas que actúan sobre la línea del grupo A cuyos haplotipos fueron llevados por la mayoría de las formas cultivadas asiáticas. También se discuten los resultados sobre una implicación significativa para la diversidad genética en las razas locales de arroz.