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La hibridación ADN-ADN (DDH) es una técnica de laboratorio ampliamente aplicada para obtener una estimación de la similitud general entre los genomas de dos organismos. Los microbiólogos eligieron basar el concepto de especie para procariotas en DDH como un enfoque pragmático para decidir sobre el reconocimiento de nuevas especies, pero también permitió un grado relativamente alto de estandarización en comparación con otras áreas de la taxonomía. Sin embargo, DDH es tediosa y propensa a errores y, ante todo, no se puede utilizar para establecer gradualmente una base de datos comparativa. Estudios recientes han demostrado que los métodos in-silico para la comparación de secuencias genómicas pueden usarse para reemplazar DDH. Considerando el rápido progreso tecnológico actual de los métodos de secuenciación, la taxonomía de procariotas basada en genomas está al alcance. Sin embargo, calcular distancias entre genomas depende de múltiples opciones para el software y la configuración del programa. Aquí proporcionamos una visión general sobre las modificaciones que se pueden aplicar a los métodos de distancia basados en pares de segmentos de alta puntuación (HSPs) o coincidencias máximamente únicas (MUMs) y que necesitan ser documentadas. También se ofrecen recomendaciones generales sobre cómo determinar HSPs utilizando BLAST u otros algoritmos. Como implementación de referencia, introducimos el servidor web GGDC (http://ggdc.gbdp.org).
Auch et al. (Jue,) estudiaron esta cuestión.