TRRUST v2: una base de datos de referencia expandida de interacciones regulatorias transcriptionales en humanos y ratones

Los factores de transcripción (TFs) son factores trans-acting principales en la regulación transcriptional. Por lo tanto, elucidar las interacciones TF-objetivo es un paso clave para entender el circuito regulador subyacente a rasgos complejos como las enfermedades humanas. Publicamos anteriormente una base de datos de referencia de interacciones TF-objetivo para humanos, TRRUST (Relaciones Regulatorias Transcriptionales Desentrampadas por Minería de Texto Basada en Oraciones), que fue construida utilizando minería de texto basada en oraciones, seguida de una curaduría manual. Aquí, presentamos TRRUST v2 (www.grnpedia.org/trrust) con una mejora significativa respecto a la versión anterior, que incluye un tamaño de base de datos significativamente mayor, que consiste en 8444 interacciones regulatorias para 800 TFs en humanos. Más importante aún, TRRUST v2 también contiene una base de datos para interacciones TF-objetivo en ratones, incluyendo 6552 interacciones TF-objetivo para 828 TFs de ratón. TRRUST v2 es también sustancialmente más completa y menos sesgada que otras bases de datos de interacciones TF-objetivo. También mejoramos la interfaz web, que ahora permite priorizar TFs clave para una condición fisiológica representada por un conjunto de genes transcripcionalmente responsive ingresados por el usuario. Con la expansión significativa en el tamaño de la base de datos y la inclusión de la nueva herramienta web para la priorización de TF, creemos que TRRUST v2 será una base de datos versátil para el estudio de la regulación transcriptional involucrada en enfermedades humanas.