GalaxyRefineComplex: Refinamiento de estructuras de modelos de complejos proteína-proteína impulsado por redistribución de interfaces

Los métodos de acoplamiento proteína-proteína se han utilizado ampliamente para obtener una comprensión a nivel atómico de las interacciones entre proteínas. Sin embargo, los métodos de acoplamiento que emplean funciones de energía de baja resolución son populares debido a su eficiencia computacional. El acoplamiento de baja resolución tiende a generar estructuras de complejos proteicos que no están completamente optimizadas. GalaxyRefineComplex toma tales estructuras de acoplamiento de baja resolución y las refina para mejorar la precisión del modelo en términos de contacto en la interfaz y orientación inter-proteica. Este método de refinamiento permite flexibilidad en la interfaz de las proteínas y en la estructura de acoplamiento en general para capturar cambios conformacionales que ocurren al unirse. También se proporciona refinamiento simétrico para homo-complejos simétricos. Este método fue validado refinando modelos producidos por programas de acoplamiento disponibles, incluidos ZDOCK y M-ZDOCK, y se aplicó con éxito a los objetivos de CAPRI de manera ciega. También se presenta un ejemplo de uso del método de refinamiento con un método de acoplamiento existente para la predicción del modo de unión de un fármaco objetivo. Un servidor web que implementa el método está disponible de forma gratuita en http://galaxy.seoklab.org/refinecomplex.