Un algoritmo de correlación cruzada SEQUEST rápido

El programa SEQUEST fue el primero y sigue siendo una de las herramientas más utilizadas para asignar una secuencia de péptido dentro de una base de datos a un espectro de masas en tándem. La puntuación de correlación cruzada es la función de puntuación principal implementada en SEQUEST y es esta puntuación la que hace que la herramienta sea particularmente sensible. Desafortunadamente, esta puntuación es costosa computacionalmente de calcular, y por lo tanto, para hacer que la puntuación sea manejable, SEQUEST utiliza una puntuación preliminar menos sensible pero rápida y restringe la correlación cruzada a solo los 500 péptidos principales devueltos por la puntuación preliminar. Clásicamente, la puntuación de correlación cruzada se ha calculado utilizando Transformadas Rápidas de Fourier (FFT) para generar la función de correlación completa. Describimos un método alternativo para calcular la puntuación de correlación cruzada que no requiere FFT y que puede ser computado de manera eficiente en una fracción del tiempo. El cálculo rápido permite que todos los péptidos candidatos sean puntuados por la función de correlación cruzada, potencialmente mitigando la necesidad de la puntuación preliminar, y permite un cálculo de significancia de valor E basado en la distribución de puntuaciones de correlación cruzada calculadas sobre todas las secuencias de péptidos candidatos obtenidas de una base de datos de secuencias.