Predicción de tasas de desamidación de proteínas a partir de la estructura primaria y tridimensional

Se describe un método para la estimación cuantitativa de la inestabilidad con respecto a la desamidación de los residuos de asparaginilo (Asn) en proteínas. El procedimiento implica la observación de varios aspectos simples del entorno tridimensional de cada residuo de Asn en la proteína y un cálculo que incluye estas observaciones, la secuencia de residuos de aminoácidos primarios y el conjunto completo de tasas de desamidación dependientes de la secuencia previamente reportadas para los pentapéptidos de Asn. Este método se demuestra y evalúa para 23 proteínas en las que se han reportado 31 residuos de Asn inestables y 167 estables, así como para 7 residuos de Asn inestables y 63 estables reportados en 61 variantes de hemoglobina humana. Se estima la importancia relativa de la estructura primaria y la estructura tridimensional en la desamidación de Asn.