Transcritoma de la corteza embrionaria y neonatal del ratón mediante secuenciación de ARN de alto rendimiento

La estructura y función del cerebro experimentan cambios dramáticos desde el desarrollo embrionario hasta el desarrollo posnatal. Los análisis de microarrays han detectado expresión génica diferencial en diferentes etapas y en modelos de enfermedad, pero la información sobre la expresión génica durante el desarrollo temprano del cerebro es limitada. Hemos generado más de 27 millones de lecturas para identificar ARNm de la corteza del ratón para más de 16,000 genes en el día embrionario 18 (E18) o el día posnatal 7 (P7), un período de sinaptogénesis significativa para la formación de circuitos neuronales. Además, ideamos estrategias para detectar formas alternas de empalme y descubrimos más variantes de empalme. Observamos expresión diferencial de 3,758 genes entre las 2 etapas, muchos con funciones conocidas o que se predice que son importantes para el desarrollo neural. Los genes relacionados con la neurogénesis, como los que codifican Sox4, Sox11 y proteínas de dedo de zinc, se expresaron más en E18 que en P7. En contraste, los genes que codifican proteínas sinápticas, como la sinaptotagmina, complexina 2 y la sintaxina, fueron regulados al alza de E18 a P7. También encontramos que varios genes relacionados con trastornos neurológicos se expresaron en alta cantidad en E18. Nuestro análisis del transcriptoma puede servir como un plano para el patrón de expresión génica y proporcionar pistas funcionales de genes previamente desconocidos y genes relacionados con enfermedades durante el desarrollo temprano del cerebro.