Definiendo un mecanismo de unión dependiente de la longitud del tallo para el aptámero de unión a la cocaína. Un estudio combinado de NMR y calorimetría

Hemos utilizado un enfoque combinado de espectroscopía de NMR y calorimetría de titulación isotérmica (ITC) para determinar el mecanismo de unión del ligando empleado por un aptámero de unión a la cocaína. Encontramos que la longitud del tallo que contiene los extremos 3' y 5' determina la naturaleza del mecanismo de unión. Cuando este tallo tiene seis pares de bases de longitud, la estructura secundaria del aptámero está completamente plegada en la forma libre y solo se forman interacciones terciarias putativas con la unión del ligando. Si este tallo se acorta en tres pares de bases, la forma libre del aptámero contiene poca estructura secundaria, y la unión del ligando desencadena la formación de estructura secundaria y el plegamiento. Este mecanismo de unión está respaldado tanto por cambios espectrales de NMR como por la capacidad calorífica de unión medida con ITC (ΔC(p)°). Para el aptámero con el tallo largo, el valor de ΔC(p)° es -557 ± 29 cal mol(-1) K(-1) y para el aptámero con el tallo corto, el valor de ΔC(p)° es -922 ± 51 cal mol(-1) K(-1). Los datos de perturbación del desplazamiento químico y la observación de NOEs intermoleculares indican que la unión es el sitio de unión del ligando.