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A medida que la capacidad de secuenciación del genoma completo se vuelve cada vez más descentralizada, hay una creciente oportunidad para la colaboración y el intercambio de datos de vigilancia dentro y entre países para informar las políticas de control del tifus. Esta visión requiere herramientas gratuitas y impulsadas por la comunidad que faciliten el acceso a datos genómicos para la salud pública a escala global. Aquí presentamos el esquema Pathogenwatch para Salmonella enterica serovar Typhi (S. Typhi), una aplicación web que permite la identificación rápida de marcadores genómicos de resistencia antimicrobiana (AMR) y su contextualización con datos genómicos públicos. Mostramos que la agrupación de genomas de S. Typhi en Pathogenwatch es comparable a los métodos bioinformáticos establecidos, y que las predicciones genómicas de AMR son altamente concordantes con los datos de susceptibilidad fenotípica. Demostramos la utilidad de salud pública de Pathogenwatch con ejemplos seleccionados de >4,300 genomas públicos disponibles en la aplicación. Pathogenwatch proporciona un punto de entrada intuitivo para monitorear la aparición y propagación de clones de alto riesgo de S. Typhi.
Argimón et al. (Mon,) estudiaron esta cuestión.