Una prueba global para grupos de genes: prueba de asociación con un resultado clínico

MOTIVACIÓN: Este documento presenta una prueba global que se utilizará para el análisis de datos de microarreglos. Con esta prueba se puede determinar si el patrón de expresión global de un grupo de genes está significativamente relacionado con algún resultado clínico de interés. Los grupos de genes pueden ser de cualquier tamaño, desde un solo gen hasta todos los genes en el chip (por ejemplo, vías conocidas, áreas específicas del genoma o grupos de un análisis de clúster). RESULTADO: La prueba permite comparar grupos de genes de diferente tamaño, porque la prueba proporciona un p-valor para el grupo, no un p-valor para cada gen. Los investigadores pueden utilizar la prueba para investigar hipótesis basadas en teorías o investigaciones pasadas o para explorar bases de datos de ontología de genes en busca de vías interesantes. No se presentan problemas de pruebas múltiples a menos que se prueben muchos grupos. Se presta especial atención a las visualizaciones del resultado de la prueba, centrándose en las asociaciones entre muestras y mostrando el impacto de genes individuales en el resultado de la prueba. DISPONIBILIDAD: Un paquete de R llamado globaltest está disponible en http://www.bioconductor.org