CAMERA: una prueba competitiva de conjuntos de genes que tiene en cuenta la correlación entre genes

Las pruebas competitivas de conjuntos de genes se utilizan comúnmente en el análisis de rutas moleculares para probar el enriquecimiento de una categoría de anotación genética particular entre los resultados de expresión diferencial de un experimento de microarreglos. Se presenta aquí que las pruebas de conjuntos de genes existentes que dependen de la permutación de genes son extremadamente sensibles a la correlación entre genes. Se analizan varios conjuntos de datos para mostrar que la correlación entre genes no es despreciable incluso en experimentos con poblaciones celulares homogéneas utilizando organismos modelo genéticamente idénticos. Se propone un nuevo procedimiento de prueba de conjuntos de genes (CAMERA) basado en la idea de estimar la correlación entre genes a partir de los datos y usarla para ajustar la estadística de la prueba de conjuntos de genes. Se desarrolla un procedimiento eficiente para estimar la correlación entre genes y caracterizar su precisión. Se demuestra que CAMERA controla correctamente la tasa de error tipo I, independientemente de las correlaciones entre genes, y aún conserva un excelente poder para detectar expresión diferencial genuina. El análisis de datos de cáncer de mama muestra que CAMERA recupera relaciones conocidas entre subtipos de tumores de manera muy convincente. CAMERA se puede utilizar para analizar conjuntos específicos o como una herramienta de análisis de rutas utilizando una base de datos de firmas moleculares.