GPS 2.1: predicción mejorada de sitios de fosforilación específicos de quinasas con un algoritmo de selección de longitud de motivo

Como la modificación post-traduccional más importante de las proteínas, la fosforilación desempeña roles esenciales en todos los aspectos de los procesos biológicos. Además de los enfoques experimentales, la predicción computacional de proteínas fosforiladas con sus sitios de fosforilación específicos de quinasas también ha surgido como una estrategia popular, por su bajo costo, alta velocidad y conveniencia. En este trabajo, desarrollamos un predictor de sitios de fosforilación específicos de quinasas de GPS 2.1 (Sistema de Predicción Basado en Grupos), con un enfoque novedoso pero simple de selección de longitud de motivo (MLS). Con este enfoque, la robustez del sistema de predicción mejoró considerablemente. Todos los algoritmos en versiones antiguas de GPS también se reservaron e integraron en GPS 2.1. El servicio en línea y los paquetes locales de GPS 2.1 se implementaron en JAVA 1.5 (J2SE 5.0) y están disponibles de forma gratuita para investigaciones académicas en: http://gps.biocuckoo.org.