Inferencia Filogenética Usando Genomas Completos

La disponibilidad de datos a nivel genómico proporciona oportunidades sin precedentes para resolver relaciones filogenéticas difíciles y para estudiar procesos genéticos poblacionales de mutación, selección y recombinación a escala genómica. El uso de modelos estadísticos apropiados se vuelve cada vez más importante cuando nos enfrentamos a conjuntos de datos muy grandes, lo que puede conducir a una mejor precisión pero no necesariamente a una mejor exactitud si los métodos analíticos tienen sesgos sistemáticos. Esta revisión proporciona un examen crítico de los métodos para analizar conjuntos de datos genómicos de múltiples loci, incluyendo concatenación, análisis de genes por separado y modelos estadísticos que acomodan la heterogeneidad en diferentes aspectos del proceso evolutivo entre particiones de datos. Discutimos factores que pueden causar que el árbol de genes difiera del árbol de especies, así como estrategias para estimar filogenias de especies en presencia de conflictos entre árboles de genes. Los conjuntos de datos genómicos proporcionan desafíos computacionales y estadísticos que probablemente serán un foco de investigación durante los años venideros.