Llamada de Bases de Trazas de Secuenciador Automatizado Usando Phred. II. Probabilidades de Error

La eliminación del cuello de botella en el procesamiento de datos en la secuenciación de alto rendimiento requerirá tanto una mayor precisión del software de procesamiento de datos como medidas fiables de esa precisión. Hemos desarrollado e implementado en nuestro programa de llamada de bases phred la capacidad de estimar una probabilidad de error para cada llamada de base, en función de ciertos parámetros calculados a partir de los datos de la traza. Estas probabilidades de error se muestran aquí como válidas (corresponden a tasas de error reales) y tienen un alto poder para discriminar entre llamadas de bases correctas e incorrectas, para datos de lectura recogidos bajo diferentes químicos y condiciones electroforéticas. Desempeñan un papel crítico en nuestro programa de ensamblaje phrap y en nuestro programa de finalización consed.