FPC: un sistema para construir contigs a partir de clones con huellas digitales de restricción

MOTIVACIÓN: Para satisfacer las demandas de la secuenciación a gran escala, miles de clones deben ser huellados digitalmente y ensamblados en contigs. Para determinar el orden de los clones, un experimento típico consiste en digerir los clones con una o más enzimas de restricción y medir los fragmentos resultantes. La probabilidad de que dos clones se superpongan se basa en la similitud de sus fragmentos. Un contig contiene dos o más clones superpuestos y se selecciona una ruta de azulejos mínima de clones para ser secuenciada. Se necesita software interactivo con soporte algorítmico para ensamblar los clones en contigs rápidamente. RESULTADOS: FPC (contigs con huellas digitales) es un programa interactivo para construir contigs a partir de clones con huellas digitales de restricción. FPC utiliza un algoritmo para agrupar clones en contigs basado en su puntuación de probabilidad de coincidencia. Para cada contig, construye un mapa de banda de consenso (CB) que es similar a un mapa de restricción; pero no intenta resolver todos los errores. El mapa CB se utiliza para asignar coordenadas a los clones basado en su alineación al mapa y proporcionar una visualización detallada de la superposición de clones. FPC tiene facilidades de edición para que el usuario refine las coordenadas y elimine clones mal huellados. Están disponibles funciones para actualizar una base de datos FPC con nuevos clones. Los contigs se pueden fusionar, dividir o eliminar fácilmente. Se pueden agregar marcadores a los clones y se muestran con el contig correspondiente. Se pueden seleccionar clones listos para secuenciación y mostrar su estado de secuenciación. Como tal, FPC es un programa integrado para el ensamblaje de clones listos para secuenciación para proyectos de secuenciación a gran escala.