Predicción de interacciones proteína-proteína combinando la estructura y la conservación de secuencias en interfaces de proteínas

MOTIVACIÓN: La elucidación de la red completa de interacciones proteína-proteína es crucial para entender los principios de los sistemas biológicos y los procesos. Así, hay una necesidad de métodos in silico para predecir interacciones. Presentamos un algoritmo novedoso para la predicción automatizada de interacciones proteína-proteína que emplea un enfoque único de abajo hacia arriba combinando la estructura y la conservación de secuencias en interfaces de proteínas. RESULTADOS: Al ejecutar el algoritmo en un conjunto de datos de plantillas de 67 interfaces y un conjunto de datos de 6170 estructuras de proteínas, se predicen 62,616 interacciones potenciales. Estas interacciones se comparan con las de dos bases de datos de interacciones disponibles públicamente (Base de Datos de Proteínas Interactuantes y Base de Datos de Redes de Interacción Biomolecular) y también con el Banco de Datos de Proteínas. Un número significativo de predicciones se verifica en estas bases de datos. Las no verificadas pueden corresponder a (1) interacciones que no están cubiertas en estas bases de datos pero que son conocidas en la literatura, (2) interacciones desconocidas que realmente ocurren en la naturaleza y (3) interacciones que no ocurren naturalmente pero que podrían realizarse sintéticamente en condiciones de laboratorio. Algunas interacciones no verificadas, respaldadas significativamente con estudios encontrados en la literatura, son discutidas. DISPONIBILIDAD: http://gordion.hpc.eng.ku.edu.tr/prism CONTACTO: agursoy@ku.edu.tr; okeskin@ku.edu.tr.