MAMMOTH (Modelos moleculares emparejados obtenidos de la teoría): Un método automatizado para la comparación de modelos

Los avances en genómica estructural y la predicción de estructuras de proteínas requieren el diseño de métodos automáticos, rápidos, objetivos y bien evaluados, capaces de comparar y evaluar la similitud de estructuras tridimensionales de baja resolución, a través de enfoques experimentales o teóricos. Aquí se presenta un nuevo método para la alineación estructural independiente de secuencia que permite la comparación de una estructura de proteína experimental con un modelo terciario de proteína de baja resolución arbitraria. Se proporciona el algoritmo heurístico y luego se usa para mostrar que puede describir alineamientos estructurales aleatorios de proteínas con diferentes pliegues con buena precisión mediante una distribución de valores extremos. De esta observación, se deriva un puntaje de similitud estructural entre dos proteínas o dos conformaciones diferentes de la misma proteína a partir de la probabilidad de obtener un alineamiento estructural dado por casualidad. El rendimiento del puntaje derivado se compara con puntajes y conjuntos de datos basados en consenso manual bien establecidos. Encontramos que el nuevo enfoque correlaciona mejor que otras herramientas con el estándar de oro proporcionado por un evaluador humano. Los tiempos indican que el algoritmo es lo suficientemente rápido para su uso rutinario con grandes bases de datos de modelos de proteínas. En general, nuestros resultados indican que el nuevo programa (MAMMOTH) será una buena herramienta para comparaciones de estructuras de proteínas en aplicaciones de genómica estructural. MAMMOTH está disponible en nuestro sitio web en http://physbio.mssm.edu/~ortizg/.