Estructura y diversidad del gen de la envoltura del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 en vivo y después de la cocultivación in vitro

La reacción en cadena de la polimerasa (PCR) con cebadores anidados se ha aplicado al clonado molecular de fragmentos de medio genoma de 4.6 kb del virus de la inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) tomados directamente de las células mononucleares de sangre periférica (PBMC) de un individuo con síntomas neurológicos de infección por VIH-1. De manera similar, se clonaron las porciones que codifican gp120 del gen de la envoltura después de que las PBMC de la misma muestra de sangre fueron cocultivadas con PBMC no infectadas durante 28 días. La secuencia completa de 1.6 kb del gen gp120 fue determinada a partir de cada uno de los 35 clones examinados. Dos de 13 (15%) genes gp120 derivados de PBMC y 3 de 22 (14%) genes gp120 derivados de la cocultivación fueron defectuosos como resultado de cambios en el marco de lectura y un codón de terminación en marco. La diversidad media entre las secuencias individuales que codifican gp120 en PBMC fue cinco veces mayor (3.24%) que después de la cocultivación (0.65%). Se encontró una secuencia predominante de "cepa" después de la cocultivación que era distinta de los diversos genotipos virales detectados en vivo y por lo tanto fue amplificada selectivamente durante la propagación in vitro. Se detectaron múltiples regiones variables (V3) distintivas que codifican el dominio neutralizante principal de la proteína de envoltura en los genes derivados de PBMC, sugiriendo la presencia de diversidad inmunológica de los genes env del VIH en vivo no reflejada en la muestra de virus cocultivada. El gran tamaño de los fragmentos de VIH generados en este estudio permitirá el análisis de la diversidad de reactividad inmunológica, función genética y patogenicidad de los genomas del VIH presentes en individuos infectados, incluyendo la importancia funcional de la pérdida de diversidad que ocurre al momento de la cocultivación.