El Proteoma de Levadura de Una Hora

Describimos el análisis exhaustivo del proteoma de levadura en poco más de una hora de análisis optimizado. Logramos esta caracterización acelerada del proteoma con una mejor preparación de muestras, separaciones cromatográficas y utilizando un nuevo espectrómetro de masas híbrido Orbitrap equipado con un filtro de masas, una celda de colisión, un analizador Orbitrap de alto campo y, finalmente, un analizador de trampa de iones lineal de doble celda (Q-OT-qIT, Orbitrap Fusion). Este sistema ofrece una alta velocidad de adquisición de MS(2) de 20 Hz y detecta hasta 19 secuencias de péptidos en un solo segundo de operación. A lo largo de un método cromatográfico de 1.3 h, el híbrido Q-OT-qIT recopiló un promedio de 13,447 escaneos de MS(1) y 80,460 escaneos de MS(2) (por corrida) para producir 43,400 coincidencias espectrales de péptidos (x) y 34,255 péptidos con secuencias únicas de aminoácidos (tasa de descubrimiento falso (FDR) del 1%). En promedio, cada análisis de una hora logró la detección de 3,977 proteínas (FDR del 1%). Concluimos que mejoras adicionales en la tasa de escaneo del espectrómetro de masas podrían permitir un análisis exhaustivo del proteoma humano en pocas horas.