Identificación de 86 candidatos para pequeños ARN no mensajeros del arqueón Archaeoglobus fulgidus

En una biblioteca de cDNA especializada del arqueón Archaeoglobus fulgidus, hemos identificado un total de 86 secuencias de ARN expresadas diferentes que potencialmente codifican especies de pequeños ARN no mensajeros (snmRNA) previamente no caracterizadas. Diez de estos ARN se asemejan a ARN nucleolares pequeños eucariotas, los cuales guían las 2'-O-metilaciones de rRNA (tipo caja C/D) y las pseudouridilaciones (tipo caja H/ACA). De este modo, identificamos cuatro candidatos para ARN pequeños H/ACA en una especie arqueal que se predice que guiarán un total de seis pseudouridilaciones de rRNA. Además, hemos verificado experimentalmente la presencia de las seis pseudouridinas predichas. Demostramos que 22 snmRNAs se transcriben a partir de una familia de repeticiones cortas en tándem conservadas en la mayoría de los genomas arqueales y que se ha mostrado previamente que podrían estar involucradas en la partición de replicones. Además, se identificaron cuatro snmRNAs derivados del operón de rRNA de A. fulgidus y se demostró que son generados por una vía de empalme/procesamiento de pre-rRNAs. Los 50 ARN restantes no pudieron ser asignados a una clase conocida de snmRNAs debido a la falta de estructura y/o motivos de secuencia conocidos. Respecto a su localización en el genoma, solo nueve se ubicaron en regiones intergénicas, mientras que 33 eran complementarios a un ORF, cinco se superponían a un ORF y tres se derivaban de la orientación sens en un ORF. Nuestro estudio apoya aún más la importancia de los snmRNAs en los tres dominios de la vida.