AbsCN-seq: un método estadístico para estimar la pureza del tumor, ploidía y números de copias absolutas a partir de datos de secuenciación de próxima generación

MOTIVACIÓN: La detección y cuantificación de las alteraciones en el número absoluto de copias de ADN en células tumorales es un desafío porque la muestra de ADN se extrae de una mezcla de células tumorales y células estromales normales. Se requieren estimaciones de pureza tumoral y ploidía para inferir correctamente el número de copias, y la ploidía puede ser en sí misma un factor pronóstico en la progresión del cáncer. A medida que la secuenciación profunda del exoma o genoma se ha vuelto rutinaria para la caracterización de muestras tumorales, en este trabajo, buscamos desarrollar un algoritmo simple y robusto para inferir pureza, ploidía y números de copias absolutas en números enteros para células tumorales a partir de datos de secuenciación. RESULTADOS: Un estudio de simulación muestra que las estimaciones tienen una precisión razonable y que el algoritmo es robusto ante la presencia de errores de segmentación y poblaciones subclonales. Validamos nuestro algoritmo contra un panel de líneas celulares con ploidía determinada experimentalmente. También comparamos nuestro algoritmo con el método bien establecido basado en array de polimorfismos de nucleótido único llamado ABSOLUTE en tres conjuntos de tumores de diferentes tipos. Nuestro método tuvo un buen rendimiento en estos cuatro conjuntos de datos de referencia tanto para estimaciones de pureza como de ploidía, y puede ofrecer una solución simple para la cuantificación de alteraciones en el número de copias para proyectos de secuenciación del cáncer. DISPONIBILIDAD E IMPLEMENTACIÓN: El paquete R absCNseq está disponible en http://biostats.mcc.ucsd.edu/files/absCNseq₁.0.tar.gz CONTACTO: kmesser@ucsd.edu Información suplementaria: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics online.