PupaSuite: encontrando polimorfismos de un solo nucleótido funcionales para propósitos de genotipado a gran escala

Hemos desarrollado una herramienta web, PupaSuite, para la selección de polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) con efecto fenotípico potencial, orientada específicamente a ayudar en el diseño de proyectos de genotipado a gran escala. PupaSuite utiliza una colección de datos sobre SNPs de diversas fuentes y un gran número de predicciones pre-calculadas para ofrecer una interfaz flexible e intuitiva para seleccionar un conjunto óptimo de SNPs. Mejora la funcionalidad de los programas PupaSNP y PupasView e implementa nuevas facilidades como el análisis de los datos del usuario para derivar haplotipos con información funcional. Se ha incluido un nuevo estimador del efecto putativo de los polimorfismos que utiliza información evolutiva. También se han incluido predicciones de la base de datos SNPeffect. La interfaz web de PupaSuite es accesible a través de http://pupasuite.bioinfo.cipf.es y http://www.pupasnp.org.