Análisis rápido de la secuencia del p53 en cáncer pulmonar primario utilizando un array de sondas de oligonucleótidos

El gen p53 fue secuenciado en 100 cánceres de pulmón humano primarios mediante secuenciación directa por ciclos de dideoxinucleótidos y se comparó con el análisis de secuencias utilizando la prueba p53 GeneChip. Se evaluaron más a fondo las diferencias en el análisis de secuencias entre las dos técnicas para determinar la precisión y limitaciones de cada método. Las mutaciones de p53 fueron detectadas ya sea utilizando ambas técnicas o, si solo se detectaron por una técnica, fueron confirmadas mediante hibridación específica de oligonucleótidos. La secuenciación de dideoxinucleótidos de las regiones conservadas del gen p53 (exones 5-9) detectó el 76% de las mutaciones dentro de esta región del gen. La prueba p53 GeneChip detectó el 81% de todas las mutaciones (exones 2-11), incluyendo el 80% de las mutaciones dentro de las regiones conservadas del gen. La prueba GeneChip detectó 46 de 52 mutaciones de sentido erróneo (88%), pero 0 de 5 mutaciones por deslizamiento de marco. La especificidad de la secuenciación directa y de la prueba p53 GeneChip para detectar mutaciones de p53 fue del 100% y 98%, respectivamente. La prueba p53 GeneChip es un enfoque rápido y razonablemente preciso para detectar mutaciones de p53; sin embargo, ni la secuenciación directa ni la GeneChip p53 son infalibles en la detección de mutaciones de p53.