Los datos de proteómica de shotgun de múltiples organismos revelan una notable conservación cuantitativa del core proteoma eucariota

La cuantificación absoluta a nivel genómico de proteínas expresadas aún no está al alcance de la mayoría de los eucariotas. Sin embargo, se han depositado grandes cantidades de identificaciones de proteínas basadas en MS en bases de datos, junto con información sobre las frecuencias de observación de cada espectro peptídico ("conteos espectrales"). Hemos realizado un meta-análisis utilizando varios millones de observaciones de péptidos de cinco eucariotas modelo, estableciendo una tubería de análisis semicuantitativa consistente. Al inferir y comparar las abundancias de proteínas a través de ortólogos, observamos: (i) la precisión de las predicciones de conteo espectral aumenta con la profundidad de muestreo y puede rivalizar con la de las mediciones bioquímicas directas, (ii) la composición cuantitativa del core proteoma observado consistentemente en eucariotas es notablemente estable, con correlaciones de abundancia que superan R(S)=0.7 a una distancia evolutiva mayor a 1000 millones de años, y (iii) algunos grupos de proteínas están más restringidos que otros. Argumentamos que nuestras observaciones revelan una selección estabilizadora: las partes centrales del proteoma eucariota parecen ser expresadas en niveles de abundancia bien equilibrados y casi óptimos. Esto es consistente con nuestras observaciones adicionales de que las proteínas esenciales muestran menores variaciones de abundancia que las proteínas no esenciales, y que las familias de genes que tienden a experimentar duplicaciones génicas son menos restringidas que las familias que mantienen un estado de copia única.