Picos de Consulta: Un Híbrido de Secuenciación de Novo y Búsqueda en Base de Datos para la Identificación de Proteínas mediante Espectrometría de Masas por Tándem

Una técnica poderosa para la identificación de péptidos y proteínas es la espectrometría de masas por tándem seguida de una búsqueda en base de datos utilizando un programa como SEQUEST o Mascot. Sin embargo, estos programas se vuelven lentos y pierden sensibilidad al permitir cortes no específicos o modificaciones de péptidos. La secuenciación de novo y los métodos híbridos como el etiquetado de secuencia ofrecen velocidad y robustez para búsquedas más amplias, aunque estos enfoques requieren espectros mejores con una fragmentación más completa y consecutiva y, por lo tanto, son menos sensibles a péptidos de baja abundancia. Aquí describimos un nuevo método híbrido que mantiene la sensibilidad de la búsqueda en base de datos pura. El método utiliza una pequeña cantidad de análisis de novo para identificar picos de iones b- y y- probables--"picos de consulta"--que pueden ser utilizados para extraer péptidos candidatos de la base de datos, con el número de candidatos ajustable para ajustarse a un presupuesto computacional. Describimos un programa llamado ByOnic que implementa este método y evaluamos a ByOnic en varios conjuntos de datos, incluyendo uno de plasma sanguíneo de ratón spiked con bajas concentraciones de proteínas humanas recombinantes. Demostramos que ByOnic es más sensible que el etiquetado de secuencia y, de hecho, más sensible que las tres herramientas de búsqueda en base de datos puras más populares--SEQUEST, Mascot y X!Tandem--en niveles tanto de péptidos como de proteínas. En las muestras de plasma de ratón, ByOnic encontró consistentemente proteínas spiked que fueron pasadas por alto por las otras herramientas.