Desafíos y perspectivas del análisis de datos metaproteómicos

En la naturaleza, los microorganismos viven en comunidades microbianas complejas. El conocimiento taxonómico y funcional integral sobre las comunidades microbianas apoya aplicaciones médicas y técnicas como los diagnósticos fecales, así como la operación de plantas de biogás o plantas de tratamiento de aguas residuales. Además, las comunidades microbianas son cruciales para el ciclo global de carbono y nitrógeno en el suelo y en el océano. Entre los métodos disponibles para la investigación de comunidades microbianas, la metaproteómica puede aproximar la actividad de los microorganismos al investigar el contenido proteico de una muestra. Aunque la metaproteómica es un método muy poderoso, los problemas dentro de la evaluación bioinformática impiden su éxito. En particular, la construcción de bases de datos para la identificación de proteínas, la agrupación de proteínas redundantes, así como la anotación taxonómica y funcional plantean grandes desafíos. Además, las crecientes cantidades de datos dentro de un estudio de metaproteómica requieren algoritmos y software dedicados. Esta revisión resume el software de metaproteómica reciente y aborda los problemas introducidos en detalle.