Caracterización sistemática de la localización celular y los perfiles de expresión de proteínas que contienen ligandos MHC

ANTECEDENTES: La presentación de péptidos en moléculas del Complejo Principal de Histocompatibilidad (MHC) es la piedra angular en la activación del sistema inmunológico y es muy deseable aumentar el conocimiento sobre las características de los ligandos MHC y sus proteínas de origen. METODOLOGÍA/RESULTADO PRINCIPAL: En el presente estudio a gran escala, utilizamos un amplio conjunto de datos de proteínas que contienen ligandos MHC de clase I o II identificados experimentalmente y examinamos las proteínas según sus perfiles de expresión a nivel de ARNm y su clasificación en la Ontología de Genes (GO) dentro de la ontología del componente celular. Se encontró que las proteínas codificadas por ARNm altamente abundantes tenían muchas más probabilidades de ser la fuente de ligandos MHC. De los 2.5% de ARNm más abundantes, hasta el 41% de las proteínas codificadas por estos ARNm contenían ligandos de clase I MHC. Para las proteínas que contienen ligandos de clase II MHC, el porcentaje correspondiente fue del 11%. Además, encontramos que la mayoría de las proteínas que contenían ligandos de clase I MHC estaban localizadas en las partes intracelulares de la célula, incluyendo el citoplasma y el núcleo. Los donantes de ligandos de clase II MHC fueron, por otro lado, en su mayoría proteínas de membrana. CONCLUSIONES/IMPORTANCIA: Los resultados contribuyen al debate en curso sobre la naturaleza de las proteínas que contienen ligandos MHC y pueden ser utilizados para ampliar los métodos existentes para las predicciones de ligandos MHC incluyendo la localización y el perfil de expresión de la proteína de origen. Mejorar los métodos actuales es importante en la creciente búsqueda de epítopos que puedan ser utilizados para propósitos de vacunas o diagnósticos, especialmente en lo que respecta a grandes virus de ADN y cáncer.