PEP-FOLD: un servidor actualizado de predicción de estructuras de novo para péptidos cíclicos lineales y unidos por disulfuro

En el contexto del renovado interés por los péptidos como terapias, es importante tener un recurso en línea para la predicción de estructuras 3D de péptidos con estructuras bien definidas en solución acuosa. Presentamos una versión actualizada de PEP-FOLD que permite el tratamiento de péptidos cíclicos lineales y unidos por disulfuro con 9-36 aminoácidos. El servidor permite definir enlaces de disulfuro y cualquier proximidad entre residuos bajo la guía de los biólogos. Utilizando un marco de referencia de 34 péptidos cíclicos con uno, dos y tres enlaces de disulfuro, los mejores modelos de PEP-FOLD se desvían en un promedio de RMS de 2.75 Å de las estructuras completas de RMN. Utilizando un marco de referencia de 37 péptidos lineales, PEP-FOLD localiza las conformaciones de menor energía que se desvían en 3 Å RMS de los núcleos rígidos de RMN. La evolución de PEP-FOLD se presenta como un nuevo servicio en línea para reemplazar el servidor anterior. El servidor está disponible en: http://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/PEP-FOLD.