AutoFACT: Una herramienta de anotación y clasificación funcional automática

ANTECEDENTES: La asignación de función a nuevos datos de secuencia molecular es un paso esencial en los proyectos de genómica. El proceso habitual implica búsquedas de similitud de una secuencia dada contra una o más bases de datos, un proceso arduo para conjuntos de datos grandes. RESULTADOS: Presentamos AutoFACT, una herramienta de anotación completamente automatizada y personalizable que asigna funciones biológicamente informativas a una secuencia. Las características clave de esta herramienta son que (1) analiza datos de secuencia de nucleótidos y proteínas; (2) determina la descripción funcional más informativa combinando múltiples informes de BLAST de varias bases de datos seleccionadas por el usuario; (3) asigna vías metabólicas putativas, clases funcionales, clases de enzimas, términos de GeneOntology y nombres de locus; y (4) genera salida en formatos HTML, texto y GFF para la conveniencia del usuario. Hemos comparado AutoFACT con cuatro pipelines de anotación bien establecidos. Se estima que la tasa de error de la anotación funcional es solo del 1 al 2%. La comparación de AutoFACT con el método tradicional de anotación por mejor resultado BLAST muestra que nuestro procedimiento aumenta el número de anotaciones funcionalmente informativas en aproximadamente un 50%. CONCLUSIÓN: AutoFACT servirá como una herramienta de anotación útil para grupos de secuenciación más pequeños que carecen de personal dedicado en bioinformática. Está implementada en PERL y se ejecuta en plataformas LINUX/UNIX. AutoFACT está disponible en http://megasun.bch.umontreal.ca/Software/AutoFACT.htm.