Análisis moleculares y basados en cultivos de comunidades procariotas de un suelo agrícola y de los túneles y excrementos de la lombriz de tierra Lumbricus rubellus

Se examinaron las poblaciones microbianas en suelo agrícola sin labranza y en los excrementos de la lombriz de tierra Lumbricus rubellus mediante métodos de cultivo y moleculares. Se prepararon bibliotecas de clones de los genes 16S rRNA a partir de ADN aislado directamente del suelo y de los excrementos de lombriz. Aunque ningún filo dominó la biblioteca de suelo de 95 clones, los mayores números de clones fueron de Acidobacteria (14%), Cytophagales (13%), Chloroflexi (8%) y gamma-Proteobacteria (8%). Mientras que la biblioteca de clones de excremento de 102 clones era similar a la biblioteca de suelo, las abundancias de varios taxones eran diferentes. Los representantes del género Pseudomonas, así como los Actinobacteria y Firmicutes, aumentaron en número, y un grupo de organismos no clasificados encontrados en la biblioteca de suelo estaba ausente en la biblioteca de excrementos. Asimismo, las bibliotecas de genes 16S rRNA arqueales de suelo y excremento eran similares, aunque las abundancias de algunos grupos eran diferentes. También se aislaron doscientos treinta bacterias aerobias en medios heterotróficos generales a partir de excrementos, túneles y suelo. Los aislados de excremento eran tanto fenotípicamente como genotípicamente diferentes de los aislados de suelo. Los aislados de excremento eran más propensos a reducir nitrato, crecer en acetato y Casamino Ácidos, y utilizar menos azúcares que los aislados de suelo. Sobre la base de sus ribotipos, los aislados de excremento estaban dominados por Aeromonas spp. (28%), que no se encontraron en los aislados de suelo, y otros gamma-Proteobacteria (49%). En contraste, los aislados de suelo eran mayoritariamente Actinobacteria (53%), Firmicutes (16%) y gamma-Proteobacteria (19%). Los aislados obtenidos de los lados de los túneles de las lombrices de tierra no eran diferentes de los aislados de suelo. Los índices de diversidad para las colecciones de aislados, así como las bibliotecas de genes rRNA, indicaron que la riqueza y uniformidad de especies disminuyeron en los excrementos respecto a sus niveles en el suelo. Estos resultados eran consistentes con un modelo en el que una gran parte de la población microbiana en el suelo pasa a través del tracto gastrointestinal de la lombriz de tierra sin cambios mientras que los representantes de algunos filos aumentan en abundancia.