HOLLOW: Generación de Representaciones Precisasy de Superficies de Canal e Interior en Estructuras Moleculares

ANTECEDENTES: Una representación precisa de las superficies interiores puede facilitar el análisis de mecanismos a nivel atómico, como el transporte de sustratos en el canal de amoníaco. En los visualizadores moleculares, es necesario eliminar la superficie exterior que oscurece la superficie del canal recortando el plano de visualización o seleccionando manualmente los residuos del canal para mostrar una superficie parcial. Ninguno de los métodos es totalmente satisfactorio, ya que siempre se generan piezas adicionales no deseadas de superficies. RESULTADOS: Para visualizar claramente una superficie de canal, presentamos HOLLOW, un programa que genera un "molde" del volumen interior de la proteína como átomos ficticios. Mostramos que la superficie molecular de los átomos ficticios se aproxima estrechamente a la superficie del canal, donde esta superficie complementaria del canal de la proteína puede mostrarse sin superficies superfluas. CONCLUSIÓN: El uso de HOLLOW simplifica significativamente la generación de superficies de canal y otras superficies interiores de estructuras proteicas. HOLLOW está escrito en PYTHON y está disponible en http://hollow.sourceforge.net.