Inferencia de la similitud funcional de microARN humanos y red funcional basada en enfermedades asociadas a microARN

MOTIVACIÓN: Es habitual explorar objetivos moleculares significativos e inferir nuevas funciones de genes a través de la medición de similitud funcional de genes y la construcción de redes funcionales de genes. Sin embargo, hay poco trabajo disponible en este campo para genes de microARN (miARN) debido a las limitaciones en las anotaciones funcionales de miARN. Con la rápida acumulación de miARN, se requiere cada vez más descubrir sus relaciones funcionales a nivel de sistemas. RESULTADOS: Se sabe que los genes con funciones similares a menudo están asociados con enfermedades similares, y la relación entre diferentes enfermedades puede representarse mediante una estructura de grafo acíclico dirigido (DAG). Esto también es cierto para los genes de miARN. Por lo tanto, es factible inferir la similitud funcional de miARN midiendo la similitud de su DAG de enfermedades asociadas. Basado en las observaciones anteriores y los datos de asociación de enfermedades-miARN humanos acumulados rápidamente, presentamos un método para inferir la similitud funcional par a par y red funcional para los miARN humanos basados en las estructuras de sus relaciones de enfermedades. Las comparaciones mostraron que la similitud funcional de miARN calculada está bien asociada con el conocimiento previo de la relación funcional de miARN. Más importante aún, este método también se puede utilizar para predecir nuevos biomarcadores de miARN e inferir nuevas funciones potenciales o enfermedades asociadas para los miARN. Además, este método puede extenderse fácilmente a otras especies cuando hay suficientes datos de enfermedades asociadas a miARN disponibles para especies específicas. DISPONIBILIDAD: La herramienta en línea está disponible en http://cmbi.bjmu.edu.cn/misim CONTACTO: cuiqinghua@hsc.pku.edu.cn INFORMACIÓN SUPLEMENTARIA: Los datos suplementarios están disponibles en Bioinformatics online.