Análisis de todo el genoma del virus de la gripe A humana revela múltiples linajes persistentes y reordenamientos entre virus H3N2 recientes

Entender la evolución de los virus de la gripe A en humanos es importante para la vigilancia y la selección de cepas para vacunas. Realizamos un análisis filogenético de 156 genomas completos de virus de la gripe A H3N2 humanos, recolectados entre 1999 y 2004 en el Estado de Nueva York, Estados Unidos, y observamos múltiples clados co-circulantes con diferentes frecuencias poblacionales. Sorprendentemente, los filogenias inferidas para segmentos de genes individuales revelaron que múltiples eventos de reordenamiento habían ocurrido entre estos clados, de tal manera que un clado de virus H3N2 presente al menos desde 2000 había proporcionado el gen de hemaglutinina para todos aquellos virus H3N2 muestreados después de la temporada de gripe 2002-2003. Este evento de reordenamiento fue el probable progenitor de las cepas de influenza variantes antigénicamente que causaron la epidemia similar a A/Fujian/411/2002 de la temporada de gripe 2003-2004. Sin embargo, a pesar de compartir la misma hemaglutinina, estos linajes de virus filogenéticamente distintos siguen co-circulando en la misma población. Estos datos, derivados del primer análisis a gran escala de virus H3N2, demuestran de manera convincente que múltiples linajes pueden co-circular, persistir y reordenarse de maneras epidemiológicamente significativas, y subrayan la importancia de los análisis genómicos para la vigilancia futura de la gripe.