Virus eucariotas de ADN nucleocitoplasmáticos grandes: Grupos de genes ortólogos y reconstrucción de la evolución del genoma viral

ANTECEDENTES: Los Virus de ADN Nucleocitoplasmáticos Grandes (NCLDV) comprenden una clase aparentemente monofilética de virus que infectan una amplia variedad de huéspedes eucariotas. Los recientes avances en la aislamiento de nuevos virus y en la secuenciación del genoma han resultado en una expansión sustancial de la diversidad de NCLDV, lo que brinda oportunidades adicionales para el análisis genómico comparativo y una demanda de una clasificación exhaustiva de los genes virales. RESULTADOS: Se realizó una comparación exhaustiva de las secuencias de proteínas codificadas en los genomas de 45 NCLDV pertenecientes a 6 familias para delinear grupos de genes virales ortólogos. Utilizando métodos computacionales previamente desarrollados para la identificación de ortología, se identificaron 1445 Grupos Ortólogos de Virus Nucleocitoplasmáticos (NCVOGs) de los cuales 177 están representados en más de una familia de NCLDV. Los NCVOGs fueron curados y anotados manualmente y pueden ser utilizados como una plataforma computacional para la anotación funcional y el análisis evolutivo de nuevos genomas de NCLDV. Una reconstrucción de máxima verosimilitud de la evolución de NCLDV produjo un conjunto de 47 genes conservados que probablemente estaban presentes en el genoma del ancestro común de esta clase de virus eucariotas. Este conjunto de genes ancestrales reconstruido es robusto frente a los parámetros del procedimiento de reconstrucción y, por lo tanto, es probable que refleje con precisión el núcleo génico del NCLDV ancestral, indicando que este virus codificaba una maquinaria compleja de replicación, expresión y morfogénesis que lo hacía relativamente independiente de las funciones de la célula huésped. CONCLUSIONES: Los NCVOGs son una plataforma flexible y expansible para el análisis genómico y la anotación funcional de NCLDV recién caracterizados. Las reconstrucciones evolutivas que emplean NCVOGs apuntan a virus ancestrales complejos.