Predicción de módulos funcionales basada en el análisis genómico comparativo y la aplicación de la Ontología Génica

Presentamos un método computacional para la predicción de módulos funcionales codificados en genomas microbianos. En este trabajo, también hemos desarrollado una medida formal para cuantificar el grado de consistencia entre los módulos predichos y los conocidos, y hemos llevado a cabo un análisis de significancia estadística de las medidas de consistencia. Primero evaluamos la relación funcional entre dos genes desde tres perspectivas diferentes: análisis del perfil filogenético, análisis del vecindario génico y asignaciones de Ontología Génica. Luego combinamos las tres fuentes diferentes de información en el marco de la inferencia bayesiana, y utilizamos la información combinada para medir la fuerza de la relación funcional entre genes. Finalmente, aplicamos un método basado en umbrales para predecir módulos funcionales. Al aplicar este método a Escherichia coli K12, hemos predicho 185 módulos funcionales. Nuestras predicciones son altamente consistentes con los módulos funcionales previamente conocidos en E.coli. Los resultados de la aplicación han demostrado que nuestro enfoque es muy prometedor para la predicción de módulos funcionales codificados en un genoma microbiano.