PANTHER versión 11: datos de anotación ampliados de Gene Ontology y rutas de Reactome, y mejoras en la herramienta de análisis de datos

La base de datos PANTHER (Protein ANalysis THrough Evolutionary Relationships, http://pantherdb.org) contiene información completa sobre la evolución y función de los genes que codifican proteínas de 104 genomas completamente secuenciados. Las herramientas de software de PANTHER permiten a los usuarios clasificar nuevas secuencias de proteínas y analizar listas de genes obtenidas de experimentos genómicos a gran escala. En el último año, las mejoras significativas incluyen una gran expansión de la información de clasificación disponible en PANTHER, así como mejoras significativas en las herramientas de análisis. Las clasificaciones funcionales de subfamilias de proteínas se han más que duplicado gracias a los avances del Proyecto de Anotación Filogenética de Gene Ontology. Para los genes humanos (así como algunos otros organismos), PANTHER ahora también admite análisis de enriquecimiento utilizando clasificaciones de rutas del recurso Reactome. Las herramientas de enriquecimiento de listas de genes incluyen una nueva 'vista jerárquica' de resultados, lo que permite a los usuarios aprovechar la estructura de las clasificaciones/ontologías; las herramientas también permiten a los usuarios cargar datos de variantes genéticas directamente, en lugar de requerir la conversión previa a una lista de genes. La herramienta de puntuación de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) codificantes actualizada utiliza un algoritmo mejorado. Las herramientas de búsqueda de modelo oculto de Markov (HMM) ahora utilizan HMMER3, lo que reduce drásticamente los tiempos de búsqueda y mejora la precisión de las estadísticas de valor E. Finalmente, el Visor de Atributos del Árbol PANTHER se ha implementado en JavaScript, con nuevas vistas para explorar la evolución de la secuencia de proteínas.