Reconocimiento de los límites exon-intrón por la endonucleasa intrónica tRNA del Halobacterium volcanii.

El precursor de tRNA(Trp) que contiene intrones de Halobacterium volcanii, al igual que muchos tRNAs precursores de arqueobacterias que contienen intrones, puede asumir una estructura en la que los dos sitios de escisión de la endonucleasa intrónica se localizan en dos bucles de tres nucleótidos separados por cuatro pares de bases. Para investigar el papel de esta estructura en la escisión por la endonucleasa halofílica, se preparó y evaluó una serie de ARN tRNA(Trp) mutantes como sustratos. Hemos encontrado que las alteraciones en esta estructura resultan en la pérdida de la escisión en ambos sitios 5' y 3'. La escisión de un sustrato de ARN modelo de 35 nucleótidos, que contiene solo estas características, demuestra que las secuencias y estructuras presentes en los límites exon-intrón son suficientes para el reconocimiento y la escisión. También hemos examinado el mecanismo utilizado por la endonucleasa halofílica para identificar los sitios de escisión. La adición de una sola base, o un par de bases en el tallo del anticodón por encima de los sitios de escisión, no afecta la selección del sitio de escisión. La adición de nucleótidos entre los dos sitios de escisión disminuye significativamente la eficiencia de escisión y tiene un efecto en la selección del sitio de escisión. Estos resultados demuestran que la endonucleasa halofílica requiere una estructura definida en los límites exon-intrón y no identifica sus sitios de escisión mediante un mecanismo de medición como el que emplean las endonucleasas intrónicas del tRNA eucariota.